Dopo un'iniziale periodo di osservazione (circa tre mesi), finalizzato alla reciproca conoscenza (struttura-utente), lo staff fa una prima valutazione delle problematiche dell'utente: tale valutazione rappresenta la base per formulare, in accordo con i Servizi Invianti, il progetto educativo e/o terapeutico-riabilitativo individualizzato che, tenendo conto delle necessità particolari del singolo caso, delle sue difficoltà e potenzialità, designa gli obiettivi individualizzati perseguibili. Gli obiettivi vengono successivamente definiti ogni sei mesi nell'arco della permanenza comunitaria e vengono discussi e verificati negli incontri periodici con i Servizi Invianti.
Dal punto di vista cronologico, il percorso educativo e/o terapeutico-riabilitativo individuale coincide essenzialmente con le seguenti fasi fondamentali del programma comunitario:

La Pre-accoglienza,
La Fase iniziale di permanenza o Accoglienza,
La Fase di permanenza vera e propria
La Fase finale, che è tesa a promuovere il percorso di elaborazione del distacco dalla comunità e la preparazione al reinserimento nel nucleo famigliare di origine, quando possibile, oppure a forme di soluzione alternative, indicate dai Servizi Invianti e dalle Autorità Competenti.

La metodologia prevede in generale la costruzione di un progetto educativo e/o terapeutico riabilitativo individualizzato ed il possibile utilizzo di:

a. Strutturazione della giornata
b. Matrice di rapporti
c. Repertorio di nuovi stimoli ed esperienze di vita
d. Strumenti educativi
e. Colloqui psicologici/psicoterapia
f. Tecniche di riabilitazione
g. Terapia psicofarmacologica
h. Lavoro di Rete